Chỉ đạo tuyến là hoạt động mang tính điều phối trung tâm của Viện Dinh dưỡng, giữ vai trò đầu mối trong việc hướng dẫn, điều phối và hỗ trợ chuyên môn kỹ thuật đối với hệ thống dinh dưỡng các cấp. Thông qua phối hợp liên ngành và các đơn vị chuyên môn trong Viện, lĩnh vực này tập trung vào xây dựng mạng lưới triển khai, đào tạo nâng cao năng lực cho cán bộ tuyến dưới, và tổ chức kiểm tra, giám sát chất lượng hoạt động chuyên môn.

Ngoài ra, chỉ đạo tuyến còn là đầu mối triển khai các chương trình trọng điểm về dinh dưỡng và an toàn thực phẩm như Chiến lược Quốc gia về Dinh dưỡng, chương trình Phòng chống suy dinh dưỡng trẻ em và thiếu vi chất dinh dưỡng. Hoạt động này góp phần đảm bảo sự thống nhất, liên thông và hiệu quả trong công tác dinh dưỡng trên toàn quốc.