Tối ưu hóa phản ứng RT-LAMP phát hiện nhanh Norovirus trong thực phẩm.
Norovirus
là vi rút thuộc họ Caliciviridae, gây
bệnh viêm dạ dày ruột ở người, đối tượng thực phẩm có nguy cơ nhiễm Norovirus thường là các loại nhuyễn thể
hai mảnh vỏ và các loại rau quả ăn sống. Trong các phương pháp xác định Norovirus trong thực
phẩm, phương pháp RT-LAMP là kĩ thuật khuếch đại đẳng nhiệt cho phép phát hiện
nhanh, chính xác với...
Tóm tắt tiếng Việt: Norovirus
là vi rút thuộc họ Caliciviridae, gây
bệnh viêm dạ dày ruột ở người, đối tượng thực phẩm có nguy cơ nhiễm Norovirus thường là các loại nhuyễn thể
hai mảnh vỏ và các loại rau quả ăn sống. Trong các phương pháp xác định Norovirus trong thực
phẩm, phương pháp RT-LAMP là kĩ thuật khuếch đại đẳng nhiệt cho phép phát hiện
nhanh, chính xác với giá thành hợp lý. Tuy nhiên, các bộ mồi LAMP tính đến thời
điểm hiện tại chưa đảm bảo độ bao phủ cao cho toàn bộ các kiểu gen của
Norovirus. Do đó, nhóm nghiên
cứu đã
tiến hành nghiên cứu hiệu chỉnh bộ mồi và tối ưu hóa phương pháp RT-LAMP xác
định Norovirus trong thực phẩm. Để thực hiện mục tiêu này, các mẫu thực phẩm
thu thập trên địa bàn các chợ tại Hà Nội được xử lý, sau đó tách chiết và tinh
sạch RNA virus, phản ứng RT-LAMP được khảo sát để chọn ra điều kiện tối ưu
(lượng enzyme phiên mã ngược 2U/phản ứng; nhiệt độ ủ 63°C; nồng độ Betain đối với GI: 1M, đối với GII: 0,8M; thời gian ủ:
60 phút) với độ nhạy là 10 phiên bản/phản ứng và độ đặc hiệu đạt 100% trên các
chủng khảo sát.
English summary: Norovirus, a virus of the Caliciviridae family, is the leading agent of food borne viral
gastroenteritis worldwide. The most common foods contaminated by Norovirus are
bivalve molluscan and raw vegetables. Among methods to detect Norovirus,
RT-LAMP method is one of the most efficient low-costed isothermal amplifying
techniques that provide rapid and exact specification. However the LAMP primer
set does not always have sufficient specificity to detect all the various type
of Norovirus. Therefore this study was conducted to optimize the LAMP primer
set and RT-LAMP method. With the purpose of accomplishing this goal, the food
samples which were collected from some markets in Hanoi were processed, followed
by extraction and purification of viral RNA, then the RT-LAMP reaction was
tested to select optimal conditions (concentration of reverse transcriptase
enzyme: 2U / reaction; annealing temperature: 63°C; concentration of betaine
for GI: 1M, for GII: 0.8M; incubation time: 60 minutes) with detective
sensitivity 10 copies/reaction and specificity of 100% for tested strains.
English summary: Norovirus, a virus of the Caliciviridae family, is the leading agent of food borne viral
gastroenteritis worldwide. The most common foods contaminated by Norovirus are
bivalve molluscan and raw vegetables. Among methods to detect Norovirus,
RT-LAMP method is one of the most efficient low-costed isothermal amplifying
techniques that provide rapid and exact specification. However the LAMP primer
set does not always have sufficient specificity to detect all the various type
of Norovirus. Therefore this study was conducted to optimize the LAMP primer
set and RT-LAMP method. With the purpose of accomplishing this goal, the food
samples which were collected from some markets in Hanoi were processed, followed
by extraction and purification of viral RNA, then the RT-LAMP reaction was
tested to select optimal conditions (concentration of reverse transcriptase
enzyme: 2U / reaction; annealing temperature: 63°C; concentration of betaine
for GI: 1M, for GII: 0.8M; incubation time: 60 minutes) with detective
sensitivity 10 copies/reaction and specificity of 100% for tested strains.
