Dinh dưỡng học đường là một lĩnh vực nghiên cứu và triển khai ứng dụng quan trọng của Viện Dinh dưỡng, nhằm cải thiện tình trạng dinh dưỡng, nâng cao thể lực và sức khỏe cho trẻ em và vị thành niên trong độ tuổi học đường.
Các hoạt động chuyên môn bao gồm nghiên cứu nhu cầu dinh dưỡng, xây dựng cơ cấu bữa ăn học đường phù hợp với từng lứa tuổi, theo dõi tình trạng dinh dưỡng và lối sống liên quan đến dinh dưỡng ở học sinh. Viện cũng thực hiện khảo sát thực trạng, đề xuất và thử nghiệm các giải pháp can thiệp nhằm nâng cao chất lượng bữa ăn học đường và tăng cường thực hành dinh dưỡng hợp lý trong nhà trường.
Bên cạnh đó, lĩnh vực này còn tham gia công tác đào tạo, truyền thông giáo dục, chỉ đạo tuyến nhằm mở rộng và nâng cao hiệu quả hoạt động dinh dưỡng học đường trên phạm vi toàn quốc.